不符合上述條件之一的雇主，就算要求員工或員工同意配合責任制，也無法通過地方主管機關的核備，而對員工成為違法的責任制。進而，員工有理由在雇主違法要求的當下或事後爭執這類無限制延長工時要求的合法性，請雇主就違法的要求負起責任。那麼，遇到違法要求勞工配合責任制的雇主時，會有什麼效果呢？法院會如何判斷？

就此等未核備而配合責任制狀況之發生，除了勞工得向行政機關檢舉雇主要求超時工作情形予以裁罰。司法院大法官會議釋字第726號解釋文也說明，法院自應於具體個案，就工作時間等事項另行約定而未經核備者，本於落實保護勞工權益之立法目的，依上開第30條等規定予以調整，並依同法第24條、第39條規定計付工資。

而就有核備且合法使用責任制的情形，勞基法第84條之1只是允許勞資間約定較為彈性的工時安排方式，並沒有說勞工超過法定工時就不是加班或在假日工作，兩者不能混淆。所以，就算雇主合法的與員工約定責任制，也不代表雇主就可以因為是責任制，就不用依勞動基準法第24條、39條所定的標準給付加班費。

其他不會因爲是責任制就可以對勞工要求的常見事項，還有：連續工作超過四小時不准員工休息（違反勞基法第35條） 不讓員工特休（違反勞基法第38條）  「要求員工任何情況絕對配合公司加班」（違反勞基法第42條） 「要求事前同意配合任何調動」（違反勞基法第10條之1） 。這些狀況一但發生，無論勞資雙方是否約定合法的責任制，都仍然受到相關勞動法令禁止，雇主仍應依勞基法個別規定負責或受到相關的行政罰。

綜合以上，縱使勞資雙方已經約定了合法的責任制，您在工時以外應有的勞動權益，也通常不會因為是責任制就可以省略；若您遇到了雇主違法的要求您配合責任制超時工作，也請別忘了做好相關的紀錄，以利充實日後如遇勞資爭議時應檢具的資料與依據。